Cómo afectan las prestaciones y bajas médicas en la regularización de autónomos

Si eres autónomo, habrás recibido o estarás a la espera de recibir la notificación con la regularización de tu cuota. Desde enero de 2026, la Seguridad Social está contrastando los rendimientos declarados en el IRPF de 2024 con las cotizaciones mensuales abonadas en dicho ejercicio y ahora es el momento de recibir estas comunicaciones.

Si estuviste de baja médica durante ese ejercicio, debes prestar atención especial a esta notificación, puesto que podría haber un error de cálculo en la regularización de cuota.

En este artículo te explicamos las incidencias más frecuentes que se han detectado en la regularización de cuotas de 2024 de autónomos que han cobrado una prestación o que han estado de baja en dicho año.

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Un poco de contexto: cómo debe cotizar un autónomo

Desde el cambio normativo que entró en vigor en 2023, las cotizaciones de los autónomos van ligadas a los rendimientos netos declarados: el famoso sistema por tramos con base mínima y máxima por nivel de rendimientos.

De esta manera, el resultado de la regularización será:

• Sin cambios, si tus bases provisionales quedaron entre la mínima y la máxima del tramo.
• A ingresar, si cotizas por debajo de la base mínima del tramo que te corresponde.
• A devolver, si cotizas por encima de la base máxima del tramo.

Todos los detalles en el Blog: Nuevas cuotas de autónomos por ingresos reales

A la hora de establecer cuál fue el rendimiento mensual para el cálculo, la Seguridad Social prorratea los rendimientos obtenidos antes de impuestos y cotizaciones entre los meses que pueden regularizarse (no necesariamente entre todos los meses en alta).

Aunque a primera vista parezca un proceso sencillo, la regularización de cuotas no es un simple ajuste contable en el que la Seguridad Social calcula una diferencia y el autónomo paga o recibe un importe. Se trata de un procedimiento en el que el trabajador por cuenta propia puede —y debe— analizar su situación y adoptar decisiones que influyen tanto en su cotización mensual como en las prestaciones futuras que pudiera necesitar.

¿Qué ocurre en la regularización si has cobrado una prestación?

Cuando el autónomo ha cobrado alguna prestación durante el año, surgen discrepancias al calcular el rendimiento mensual para la regularización, dado que se excluyen (aunque este siga de alta) los meses usados para calcular la base reguladora de la prestación, los meses hasta el hecho causante y los meses cobrando la prestación. De esta manera, estos periodos quedan invariables en la regularización.

Baja por enfermedad común y cálculo del rendimiento mensual

Te lo explicamos con un ejemplo muy claro:

Un autónomo está tres meses de baja por enfermedad común. Como durante estos tres meses no ha estado activo, el rendimiento anual obtenido se ha generado en los nueve meses restantes. Además, a la hora de calcular cuál es la base reguladora de la prestación y, por tanto, la cuantía a cobrar se tiene en cuenta la base de cotización del mes anterior al hecho causante. Es decir: el mes previo a la baja, a pesar de haber estado activo, tampoco se tendrá en cuenta para la regularización.

En este ejemplo, el rendimiento anual para el cálculo se prorratearía entre ocho meses, excluyendo los cuatro restantes: los tres que se ha estado de baja médica y el mes cuya cotización sirve como referencia para calcular la prestación.

Así, aunque el autónomo ha estado activo nueve meses, el rendimiento anual se prorrateará en ocho meses, de tal forma que el rendimiento mensual (y por tanto la regularización) será más elevado que si tenemos en cuenta todos los meses en los que se ha estado activo. Eso sí, en la regularización, la cotización de estos cuatro meses no se verá modificada.

Cómo influye la maternidad en la cotización por ingresos reales

El caso más llamativo lo encontramos en las prestaciones por maternidad y paternidad (nacimiento y cuidado del menor).

En este escenario, la base reguladora para el cálculo de la prestación no es la del mes anterior a la del hecho causante, sino el promedio de las bases de los 6 meses inmediatamente anteriores al mes previo al nacimiento, dividido entre 180. Esos 6 meses quedan excluidos de la regularización, junto con el mes previo al hecho causante y los meses de subsidio.

Volvemos a un ejemplo para ilustrar este caso:

Para un autónomo cuya hija nace el 1 de diciembre, las cotizaciones que se tendrán en cuenta para calcular la prestación a percibir son las de mayo a octubre inclusive – meses en los que ha mantenido el alta y la actividad sin ningún tipo de contratiempo.

Para el cómputo del rendimiento mensual, el rendimiento anual se dividirá entre cuatro meses: enero a abril, puesto que a partir de mayo las cotizaciones han servido para calcular la prestación, a pesar de que la misma no se ha comenzado a percibir hasta el momento del nacimiento del menor.

También en el blog: Permiso de maternidad y paternidad

En estos casos en los que se percibe una prestación a lo largo del ejercicio, se produce un inflado del rendimiento mensual, que afectará significativamente a la regularización, dado que el rendimiento anual no se prorratea entre los meses que se ha generado, sino en aquellos que no afectan a la cuantía de la prestación. A su vez, la cotización en estos meses que sirven para el cómputo de esta se entenderá definitiva y no será objeto de regularización.

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Conclusiones sobre las prestaciones y bajas médicas en la regularización de cuotas de autónomos

La regularización de cuotas puede complicarse en determinadas circunstancias y el principal problema radica en que muchos autónomos no conocen en profundidad cómo se calcula este ajuste. No revisan las notificaciones, no comprueban si los datos son correctos o dejan transcurrir los plazos sin presentar alegaciones o solicitar cambios.

En algunos casos esta falta de revisión termina traduciéndose en pagos superiores a los previstos o en prestaciones más reducidas de lo que realmente les correspondería.

La clave está en anticiparse. Cuando ha existido una baja por enfermedad, maternidad o paternidad, el cálculo del rendimiento mensual puede alterarse significativamente al excluir determinados meses del prorrateo. No se trata necesariamente de un error de la Administración, pero sí de una mecánica compleja que muchos autónomos desconocen y que conviene revisar con detalle.

Por ello, si has cobrado una prestación en 2024 y has recibido una notificación, es fundamental comprobar:

• Qué meses se han tenido en cuenta para el prorrateo.
• Qué periodos han quedado excluidos por el cálculo de la prestación.
• Si la base aplicada se corresponde realmente con tu situación.

Revisar la regularización no es solo una cuestión de pagar más o menos ahora, sino de entender cómo afecta a tu cotización futura y a tus prestaciones.

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Esta información es válida en la fecha de publicación, pero podría verse desactualizada por cambios normativos posteriores.